Sin embargo, hay situaciones en las que los monopolios están justificados. Ese es el caso de los monopolios naturales. Para este caso, existen grandes costos de entrada que solo pueden ser cubiertos a través de niveles de producción enormes, de modo que es más barato que una sola empresa produzca una cantidad especifica a si dos o más la produzcan. Un problema desde el punto de vista regulatorio es que el precio socialmente eficiente no puede ser alcanzado a través de regulaciones de precios a menos que la empresa incurra en pérdidas. Un primer paso para los formuladores de políticas antimonopólicas es separar la paja del trigo, es decir, identificar los monopolios naturales de los convencionales, de modo que estos últimos puedan estar sujetos a regulaciones de precios, leyes antimonopolio y otras políticas públicas que mejoren la entrada libre de nuevas empresas al mercado. Pero no todo es blanco o negro, a veces, desde una perspectiva a largo plazo, los gobiernos otorgan derechos y mecanismos institucionales a las empresas para que estas obtengan y mantengan posiciones monopólicas. Este es el caso de las patentes las cuales dan incentivos a que las empresas inviertan en investigación y desarrollo; y el caso del copyright o los derechos de autor que protegen la generación de nuevos contenidos e información; lo cual es socialmente deseable en ambos casos, más aún si se genera innovación vertical.
