La experimentación, uso de samplers y cruce de estilos continuó en el siguiente disco, Ill communication (1994), del que destacan piezas como Sure shot, Get it together, Root down y, especialmente, Sabotage, tema en que nuevamente se introducen en el hard-rock y un video en que recrean la atmósfera de las series policiales de los años setenta. En paralelo, siguieron explorando con fusiones orientadas hacia el jazz, con canciones como Sabrosa y Eugene’s lament, que luego recogieron en el recopilatorio The in sound from way out! (1995). En paralelo, siguieron dándole al punk en Tough guy y Heart attack man, para luego reunir sus incursiones en este género de música extrema en los EP Same old bullshit (1994) y Aglio e olio (1995), que recogen grabaciones muy antiguas –Egg raid on mojo– y nuevos temas como I want some y Soba violence. La trilogía noventera se cierra con el disco Hello nasty (1998), en el que se incorpora el DJ Master Mike, desde entonces una pieza angular del sonido del grupo. De este disco salieron clásicos como Three MC’s and one DJ, Remote control, Intergalactic, Body movin’ y dos instrumentales, Song for the man y Song for Junior, influenciados por la música surf y el rock latino de los años sesenta.
Lo que hizo especiales a los Beastie Boys, en una década de reformulación de géneros y gustos musicales, fue su capacidad para dos cosas. Por un lado, para madurar y pasar de ser un trío irrespetuoso y hedonista, a lanzar rimas contra la discriminación y la homofobia, como en Alive, uno de los estrenos incluidos en un amplio recopilatorio, The sounds of science (1999). Y, por el otro, para reinventarse musicalmente todo el tiempo, pasando del hip hop más elemental a la compleja elaboración de sus propios fondos musicales, del funk al hardcore punk, del hard-rock guitarrero a las mezclas electrónicas, sin perder la originalidad, el sarcasmo y actitud relajada de sus inicios. Yauch, practicante del budismo, introdujo al grupo a actividades benéficas como la organización del primer concierto por la liberación del Tibet, en 1996, actividad que se realizó hasta el 2012, año de su muerte. Luego de un retorno al rap con el álbum To the 5 boroughs (2004), la banda volvió a sorprender con The mix-up, un nuevo disco de funk y soul-jazz, que incluso recibió un Grammy en la categoría de Mejor Álbum Pop Instrumental.
The Beastie Boys Story permite reconectarnos con este grupo y sus peripecias para subsistir a las presiones de ser una estrella de rock, en sus propias palabras, superando excesos, traiciones y errores poniendo por encima de todo la amistad, la necesidad de crecer como seres humanos y el amor por la música.